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极端之作:美利哥重磅推出"泛癌症图谱"

来源:http://www.btxygg.com 作者:广东快乐10分预测 时间:2019-10-18 20:20
《细胞》发表史上最全癌症遗传风险图谱

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《中国科学报》 (2018-04-11 第1版 要闻)

《细胞》杂志以封面重点介绍了这一系列研究

本报讯由西安交大计算机科学与技术系、陕西省医疗健康大数据工程研究中心教授王嘉寅团队与圣路易斯华盛顿大学、哈佛大学—麻省理工学院Broad研究所、贝勒医学院、梅奥临床医学院等13家世界顶级研究机构历时近三年合作完成了迄今为止最全面的癌症遗传风险图谱,相关成果近日发表于《细胞》。

TCGA数据主要是对肿瘤组织进行的基因测序数据,而泛癌症图谱项目则综合了各种组学数据,例如肿瘤的转录组、蛋白组、甲基化组学、临床以及影像方面的数据。

现代肿瘤学研究理论认为,肿瘤的发生、发展是肿瘤患者的内因和外因耦合作用的结果,其内因主要是癌症遗传风险。基于多组学大数据,挖掘癌症遗传风险,不仅是肿瘤研究的前沿领域和热点方向,而且能够广泛应用于肿瘤风险筛查、肿瘤分子预警、肿瘤精准体检和早诊。而基于大数据绘制癌症遗传风险图谱是癌症遗传风险图谱研究的热点和难点,风险图谱是临床辅助决策的重要基线之一。

该项目共分为三大部分:肿瘤细胞的来源、肿瘤发展的过程以及信号通路。通过对肿瘤细胞来源的研究,研究人员发现,细胞的来源并不完全决定肿瘤的分类,由此我们需要重新审视肿瘤的分子分型。

该研究基于33种常见癌症类型、共计1万多名肿瘤患者的多组学大数据,全面应用了目前最优的生物信息学分析和实验手段,优化设计了面向多组学的数据处理流程,累计分析了超过14.6亿个候选基因变异,首次系统性报道了871个罕见易感/疑似易感变异和拷贝数变异,且较大比例地存在与基因表达异常、丧失异质性等体细胞突变的耦合。这些结果为下游研究特别是遗传变异分类和检测奠定了基础。同时,大数据分析明确展示了不同癌症类型的一些病例具有共同或类似癌症遗传风险的关键证据,这些共性模式及其与体细胞突变的相互作用能够为异癌同治提供临床辅助决策依据。

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4月5日,国际顶尖学术期刊《细胞》及其子刊公布了“癌症和肿瘤基因图谱”的“升级版”——泛癌症图谱的研究结果,相关结果以27篇高水平论文呈现。泛癌症图谱不仅侧重于对肿瘤基因测序数据的分析,同时也对其他类型的数据,如蛋白组、临床以及影像方面的数据进行综合分析。

此次发表的27篇论文均可在《细胞》杂志及其子刊上开放获取,有学者表示,“这是真正为人类服务”。该图谱的出现不仅能极大地拓展我们对肿瘤这一类复杂疾病的认识,同时对肿瘤治疗也会产生积极的影响。

该项目由美国国立卫生研究院资助,耗费高达3亿美元,由其下属的两个单位:国立人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)和国立癌症研究所(National Cancer Institute)共同来执行,大概有150名来自北美20余个高校院所的学者参与了该项目,其中也不乏华人学者的身影。

“TCGA是率先对肿瘤组织进行分子分型的第一个大型项目”,NHGRI负责TCGA项目的Carolyn Hutter表示,“10年前,进行这个大型项目几乎不可能,它有些过于雄心勃勃。”而“泛癌症图谱项目是对TCGA项目的有力补充,也是对该项目2013年发表的成果的扩展,”NCI的TCGA项目主任Jean Claude Zenklusen表示。

《细胞》杂志副主编Robert Kruger对这一研究能发在《细胞》及其子刊上颇为荣幸,并表示,“泛癌症图谱如同人类癌症研究的谷歌地球。”

该项目还对不同类型的肿瘤信号通路进行研究,通过对MYC、RAS、泛素化、DNA的损伤修复机制等方面的研究,研究人员得出结论,信号通路在不同个体中差异大,由此需要针对不同的个体的个性化治疗以及新的联合用药。

TCGA项目于2006年启动,历经10多年,该项目对全球肿瘤研究产生了深远的影响。泛癌症图谱项目是TCGA项目的一部分,项目对来自11000个病例,33种不同癌症类型进行分析,从而能够告诉我们人体的肿瘤发生、在哪里发生以及为什么发生。

通过对肿瘤发生过程的全面认识,研究者发现,生殖细胞的遗传突变和体细胞突变,会通过对细胞信号通路、免疫细胞的影响,进而对肿瘤发生进程产生影响,由此给新的治疗方式带来启示。

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美国国立卫生研究院主任弗朗西斯·科林斯表示,“该项目是过去进行了10多年的TCGA项目的巅峰之作,能让我们精准找到肿瘤的发生原因,同时也为未来的临床试验和治疗带来启示。”

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